Gianotti nació en 1881 y fue discípulo de Alfredo Melani, ideólogo de la recuperación de la italianidad en el arte de su país. Egresó con el título de arquitecto de la Academia de Bellas Artes de Turín en 1904. Realizó algunas obras de decoración en Milán y, con su hermano trabajó en la construcción de varios pabellones de la Exposición Internacional de Milán de 1906.
Llegó a Buenos Aires en 1909 con buenas cartas credenciales y como representante de la firma Arcari, Fontana y Cía., fabricantes de hierro forjado, muebles, vitrales y bronces. De inmediato se incorporó al estudio de los arquitectos Arturo Prins y Oscar Ranzenhofer y, junto con otro compatriota, Mario Pelanti, estuvo a cargo del montaje y de la ambientación del Pabellón de Italia en la Exposición del Centenario.
Poco después, en 1911, comenzó su trabajo en forma independiente, realizando residencias y edificios de renta y utilizando un repertorio estilístico de raíz italiana y francesa.
En 1913, le fue encomendado el mayor emprendimiento que realizaría en su vida: la Galería Güemes (entonces denominada Pasaje Florida). Y hacia el final de la década, en 1918, Gianotti concretó el último de sus edificios enrolados en una estética Art Nouveau, el de la Confitería La París, en la esquina de Marcelo T. de Alvear y Libertad. El establecimiento milanés proveyó de innumerables piezas ornamentales para los edificios que Francisco Gianotti diseñaba y construía en Buenos Aires. El novedoso diseño y la calidad de producción de estos elementos contribuyeron a su fama.
Con sus dos obras cumbre, La Galería Güemes y la Confitería del Molino, el Art Nouveau alcanzó una monumentalidad no habitual. Y lo hizo, no es poco, con dos ejemplos de edilicia privada capaces de competir con la potencia de los edificios espacios públicos adyacentes. Porque ambos casos fueron y son desafíos en términos comparativos, uno con respecto al torrente de vida urbana propia de la calle Florida; y el otro, con respecto al impacto físico y simbólico de la mole del Congreso Nacional.
También los liga la transgresión. En la Galería Güemes está dada por tratarse de un edificio multifuncional, a la manera de un microcosmos urbano, suerte de nave autosuficiente. Para que acometer tales riesgos fuera posible, Gianotti exploró al máximo los últimos avances en las técnicas constructivas que le permitieron llevar adelante acrobacias volumétricas y espaciales. También apeló al despliegue de una parafernalia de recursos y técnicas decorativas donde ningún motivo quedaba relegado y donde todo tenía un estilo de diseño, o sobrediseño, al que hoy llamaríamos “artesanal”.
Gianotti se radicó definitivamente en Buenos Aires, donde murió en 1967.